特命探偵・結城新十郎（福士蒼汰）たちが入り浸る洋風酒場の主人で錦絵新聞の書き手である花迺屋因果（中村靖日）が行方不明となり捜査を依頼される。新十郎は、海外視察から帰国した大久保利通（篠井英介）に呼ばれ、捜査を断ってしまう。代わりに泉山虎之介（矢本悠馬）が加納梨江（内田理央）と共に調べに乗り出すが、そこに林肯会という謎の政治結社が浮かび上がり、虎之介と梨江は因果を探しにその結社を訪れるのだが…。