「ワイルド・ハニー・パイ」のレコーディングは、1968年8月20日にEMIスタジオのスタジオ2で行われた。レコーディングは、「マザー・ネイチャーズ・サン」の2回目のセッション終了後に続けて行われたため、演奏に参加したのは「マザー・ネイチャーズ・サン」と同様にマッカートニーのみとなっている。なお、本作のレコーディングの前には、未発表曲「エトセトラ」もレコーディングされた。

マッカートニーは、本作のレコーディングについて「僕らは実験モードに入っていたから、『ちょっとやってみてもいいかな?』と言った。まずはギターから始めて、コントロール・ルームだったか隣の小部屋で、マルチトラックの実験を始めた。大がかりなところなんてまったくなくて、すごく手作りっぽい感じだった。弦にヴィブラートをいっぱいかけて、彫刻みたいに作っていった。イカれたみたいに弦を引っぱってね。だから『ワイルド・ハニー・パイ』という名前なんだけど、これは僕が書いた『ハニー・パイ』からの引用だった」と振り返っている。

4トラック・レコーダーのトラック1と2にはアコースティック・ギターを弾きながら、フットペダルでバスドラムを叩きながら歌う声、トラック3にシンコペーションを効かせたタムを叩く音、トラック4に別のボーカル・パートが録音された。なお、2種類のアコースティック・ギターのうち、片方の音はテープのスピードを僅かに変動させたことから、音にふらつきが生じている。